税務調査後に修正申告する方法は？税務調査前に修正申告する場合のメリット・デメリットについても解説！

税務調査と修正申告は、事業者や個人事業主にとって避けては通れないテーマです。税務調査で申告内容に誤りが見つかると、追加で税金を納めるだけでなく、延滞税や加算税などの追徴課税が発生し、負担が大きくなってしまいます。一方で、税務調査が入る前に自主的に修正申告をすることで、税務調査での指摘を回避したり、ペナルティを軽減できる可能性もあります。

この記事では、税務調査後に修正申告を行う具体的な方法や流れ、税務調査で追加徴税が発生する仕組み、さらに税務調査前に修正申告をする場合のメリットとデメリットについてわかりやすく解説します。税務調査で損をしないために、適切な修正申告のタイミングと対応方法をしっかり押さえておきましょう。

税務調査の修正申告とは？

修正申告とは、すでに行った税務申告の内容に誤りが見つかった場合に、納税者が自ら税額を訂正するための手続きを行うことを指します。修正申告は、税務調査で税務署から指摘を受けて行う場合もあれば、税務調査が入る前に納税者自身が誤りに気付いて修正申告をするケースもあります。

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修正申告とは？税務調査で修正申告が発生するのはどんな時なのか詳しく解説

税務調査で誤りを指摘された場合は、ほとんどの場合で追加の税金を納める必要があり、修正申告をして追徴課税に応じる形となります。一方で、税務調査が入る前に自主的に修正申告を行えば、過少申告加算税などのペナルティを軽減できる可能性があります。また、税務調査を避けるために早めに修正申告を行うことも、適切な税務リスク管理といえるでしょう。

ただし、税務調査の結果を受けて修正申告を行う際には注意点があります。

SoVa税理士お探しガイド編集部

税務調査で指摘を受けた後に修正申告を提出するということは、税務署の指摘内容を認めたことになり、不服申し立てをする権利を放棄することにつながります。つまり、税務調査の指摘に従って修正申告を提出した後に「やはり納得できない」と考え直しても、不服申し立ては認められないのです。

税務調査の指摘内容が必ずしも正しいとは限らないため、税務調査での修正申告に応じる前には、少しでも疑問があれば税理士などの専門家に相談し、慎重に対応することが重要です。税務調査と修正申告は密接に関連しているため、税務調査が始まった段階から正しい知識を持ち、適切に修正申告を行う準備をしておくと良いでしょう。

税務調査前に修正申告をするケース

税務調査と修正申告は、納税者にとって切っても切り離せない重要なテーマです。税務調査で誤りを指摘されてから修正申告を行うケースもあれば、税務調査の前に自ら誤りに気付き修正申告をするケースもあります。

今回は、税務調査の事前通知を受けて修正申告を行う場合と、税務調査の有無にかかわらず修正申告を行う場合について、それぞれのポイントを詳しく解説します。税務調査のリスクを減らし、適切な修正申告を行うために、ぜひ参考にしてください。

税務調査前に修正申告を行うケース

税務調査前に修正申告を行う場合には、税務調査の事前通知を受けて修正申告を行うパターンと、税務調査の実施とは関係なく修正申告を行うパターンの２つが考えられます。まず、平成23年12月の国税通則法改正によって、税務調査を実施する際には原則として納税者に税務調査の事前通知をすることが義務付けられました。

これにより、多くの場合、税務署の調査官がいきなり事業所に来て税務調査を行うことはなくなり、税務調査を実施する日時や必要な帳簿書類などについて、税務署からの事前通知を受けることになります。
税務調査の事前通知を受けた後に、申告内容に誤りがあると気付いた場合は、税務調査で指摘される前に自主的に修正申告を行うことを検討する方も多いでしょう。

SoVa税理士ガイド編集部

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また、税務調査の準備として帳簿を整理する過程で誤りに気付くケースもあります。このような場合も、税務調査前に修正申告を行うことは可能です。税務調査前に修正申告をすることで、税務調査での指摘を減らし、過少申告加算税などのペナルティを軽減できる可能性もあります。

税務調査の有無にかかわらず修正申告を行うケース

税務調査の事前通知を受けていない場合でも、税務調査が行われていない状況でも、納税者が自らの申告内容に誤りを発見した場合には、いつでも修正申告を行うことが可能です。

特に、開業して間もない個人事業主や法人の場合、税務調査がまだ入っていなくても、経理処理や申告方法に不慣れで誤りが発生することがあります。そのようなとき、税務調査が始まる前に自主的に修正申告を行うことで、税務調査での追徴課税リスクを減らすことができます。

SoVa税理士ガイド編集部

税務調査を受けていなくても、誤りに気付いたタイミングで速やかに修正申告を提出することは、税務調査が後で行われた際にも誠実な対応として評価される可能性があります。

税務調査と修正申告は切り離せない関係にあるため、税務調査の有無にかかわらず、正確な申告を目指すことが大切です。

税務調査後に修正申告をする方法

税務調査と修正申告は、申告内容に誤りがあったときに適切に対応するために欠かせないポイントです。税務調査で誤りを指摘されてから修正申告をするケースもあれば、税務調査が始まる前に自主的に修正申告を行うケースもあります。

また、確定申告の期限前に訂正を行うケースも含めて、パターンを把握しておくことで税務調査のリスクを減らし、正しい修正申告ができます。ここでは税務調査と修正申告の３つの進め方を解説します。

STEP①：税務調査後に修正申告を行う

税務調査後に修正申告を行うのは、税務調査で税務署から申告内容の誤りを指摘され、その指摘を受け入れて不足税額を納める場合です。税務調査の結果、納税者は修正申告書を作成・提出し、追加の税金を納付します。
税務調査後の修正申告では、もともと納めるべきだった税金に加え、延滞税や過少申告加算税などの追徴課税が課されることが多いです。税務調査の指摘内容をきちんと確認し、正確に修正申告を行うことが重要です。

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STEP②：確定申告前に訂正申告で修正する

確定申告の期限前に申告内容の誤りに気付いた場合は、税務調査の有無に関係なく、修正申告ではなく訂正申告を行います。税務調査が入る前に自主的に訂正できるのは、期限内であれば何度でも可能で、将来の税務調査での指摘を防ぐ手段にもなります。

訂正申告を行う際は修正申告書ではなく、確定申告書を訂正した形で再提出します。期限内に最後に提出された申告書が正式に受理されるので、税務調査のリスクを減らすためにも早めの訂正が大切です。

STEP③：確定申告後・税務調査前に自主的に修正申告する

確定申告を終えた後、税務調査が始まる前に誤りに気付いた場合は、税務調査の前に自主的に修正申告を行うことが可能です。

税務調査後の修正申告はここがポイント！

税務調査は原則として事前通知があるため、調査の通知から実際の税務調査までに時間の猶予があります。この期間中に修正申告を済ませれば、税務調査での指摘を回避できることもあります。

ただし、税務調査前の修正申告でも、修正申告書の作成には手間と時間がかかります。税務調査が近い場合は短期間での対応が難しいため、税理士に相談してスケジュールを調整することも大切です。税務調査の事前通知を受けたら、誤りに気付いている場合はできるだけ早めに修正申告を行いましょう。

税部調査後の修正申告で発生する追加徴税

税務調査で申告内容の誤りを指摘されると、修正申告を行い追徴課税を支払う必要があります。税務調査の有無や、修正申告を自主的に行うかどうかで、延滞税や加算税の金額は大きく変わることがあります。ここでは、税務調査と修正申告に関わる延滞税と4種類の加算税のポイントをわかりやすく整理します。

延滞税

税務調査で誤りが発覚し修正申告を行う場合、追加で納める税金に対して延滞税がかかります。延滞税は未納分に対する遅延利息の役割を持ち、税務調査後に納付が遅れるほど延滞税の負担が増えます。税務調査で指摘を受けた修正申告は、できるだけ早めに納付を済ませることが大切です。

SoVa税理士ガイド編集部

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過少申告加算税

税務調査で当初の税務申告内容が少なかったと指摘されると、修正申告をした上で過少申告加算税を負担します。通常は新たに納める税額の10%ですが、当初の税額に50万円を加えた額を超える部分には15%がかかります。
ただし、税務調査が入る前に自主的に修正申告を行えば、過少申告加算税は課されません。税務調査での負担を減らすためにも、誤りに気付いた時点で早めに修正申告することが重要です。

無申告加算税

税務調査で無申告が判明すると、修正申告をしても無申告加算税が発生します。税務調査後に指摘を受けて納める場合、50万円までは15%、超える部分には20%が上乗せされます。
一方、税務調査が始まる前に自主的に期限後申告や修正申告を行えば、無申告加算税は5%に軽減されます。期限を過ぎた場合も、税務調査前の修正申告が大切です。

不納付加算税

税務調査では源泉所得税の納付漏れも指摘されやすく、修正申告を行うと不納付加算税がかかります。源泉徴収した税金を正当な理由なく納付期限までに納めなかった場合、本税に対して10%が課されます。

税務長瀬後の修正申告はここがポイント！

ただし、税務調査で指摘される前に自主的に納付と修正申告を済ませれば、不納付加算税は5%に軽減されます。税務調査で追徴課税を受けないために、定期的な確認と早めの修正申告が欠かせません。

重加算税

税務調査で仮装や隠蔽が認められると、修正申告をしても重加算税が発生します。帳簿の改ざんや売上の隠蔽、架空経費の計上など悪質な場合に課され、追徴額が大きくなるのが特徴です。
税務調査で重加算税を指摘されないためには、正確な帳簿を保管し、少しでも誤りに気付いたら税務調査前に修正申告を行うことが重要です。

税務調査前に修正申告をするメリット・デメリット

税務調査が入る前に修正申告を行うかどうかは、追徴課税の負担を減らす上で重要な判断ポイントです。税務調査前に修正申告をすることで、加算税の回避や軽減ができる一方で、税務調査が厳格化するなどのデメリットも考えられます。ここでは、税務調査前に修正申告をするメリットとデメリットを具体的に解説します。

税務調査前に修正申告をするメリット

過少申告加算税を回避・軽減できる

税務調査で申告内容の誤りが指摘され、納税額が少なかった場合、追徴課税として過少申告加算税が課せられます。税務調査後の修正申告では、新たに納める税額の10％（多い部分は15％）が追加でかかります。

しかし、税務調査の事前通知を受けて税務調査前に修正申告を行えば、過少申告加算税は50万円までが5%、50万円を超える部分は10%に軽減されます。さらに、税務調査の事前通知すらなく自主的に修正申告を行った場合は、税務調査で指摘されない限り、過少申告加算税自体が課されません。

税務調査前の修正申告で、加算税の負担を回避または軽減できるのは大きなメリットです。

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重加算税を避けられる可能性がある

重加算税は、税務調査で仮装や隠蔽といった悪質な不正が認められた場合に課されます。税率は過少申告加算税に代わる場合は35%、無申告加算税に代わる場合は40%と非常に高く、税務調査で悪質と判断されると多額の追徴課税が発生します。

仮に税務調査で隠蔽が発覚して重加算税が課される恐れがあると感じた場合は、税務調査の事前通知後であっても税務調査が始まる前に修正申告をすることで、重加算税を回避できる可能性があります。税務調査前に修正申告書を提出しておけば、調査官も申告内容を把握した上で税務調査を進めるため、追加での負担を抑えやすくなります。

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税務調査前に修正申告をするデメリット

税務調査が厳しくなる可能性がある

税務調査の事前通知を受けてから修正申告を行った場合、税務署側に「意図的に正しく申告してこなかったのでは」と疑われることがあります。その結果、税務調査がより厳格に行われ、調査官から細かい点まで深く確認される可能性があります。税務調査前の修正申告が、逆に税務調査を厳しくするリスクもあるのです。

税務調査の対象期間が広がる可能性がある

通常、税務調査の調査対象期間は過去３年分です。しかし、税務調査前に３年分の修正申告をした場合、税務調査の際に過去５年分まで調査対象が拡大されることがあります。

もし４年目や５年目にも同様の誤りがあれば、税務調査でさらに指摘を受けて追加の修正申告と加算税が必要になる可能性があります。税務調査の遡及期間が通常の３年から５年に延びる点は、税務調査前の修正申告のデメリットです。

SoVa税理士ガイド編集部

ただし、修正申告ができる期間は過去５年分までと決まっています。税務調査のリスクを最小限にするためにも、必要があれば早めに５年分を含めて修正申告を検討することが大切です。

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まとめ

税務調査で誤りが見つかった場合の修正申告はもちろん、税務調査が始まる前に自主的に修正申告をするかどうかで、追徴課税の負担額や税務調査の進め方は大きく変わります。税務調査前に修正申告を行えば、過少申告加算税などを回避・軽減できる可能性があり、結果として負担を最小限に抑えられるケースも少なくありません。

SoVa税理士ガイド編集部

ただし、税務調査前の修正申告には調査対象期間が延びるなどのデメリットもあるため、自社の状況に合わせて慎重に判断することが大切です。

少しでも不安がある場合は、税務調査や修正申告の専門家である税理士に相談し、正しい方法で手続きを進めましょう。税務調査と修正申告のポイントを押さえて、安心して適正な納税を行ってください。

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