年末調整の期限はいつまで？提出期限に間に合わなかった場合の対処法も解説！

年末調整は、毎年10月頃から翌年1月までに行われる手続きで、給与所得者がその年の所得税額と、給与から天引きされた源泉徴収税額との差額を精算します。

一般的には、従業員が必要書類を勤務先に提出する期限は11月頃であり、年末調整の手続きが完了すると、翌年の1月31日の期限までに会社が必要な書類を税務署に提出することになっています。

SoVa税理士お探しガイド編集部

この記事では、年末調整の手続きの流れや提出期限に遅れた場合の対処法、提出期限後の修正方法について詳しく解説します。

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年末調整のスケジュール期限は？

年末調整は通常、その年の10月頃から翌年の1月までに行われます。この期限中に、会社と従業員がそれぞれ準備を進める必要があります。

年末調整の大まかなスケジュール期限は次の通りです。

年末調整の対象は、「その年の1月1日から12月31日までに支払われた給与」です。たとえば、12月分の給与が翌年1月に支払われた場合、それは翌年の年末調整で対象となります。

年末調整の結果、支払うべき所得税額が源泉徴収税額より少なければ差額が還付され、逆に多ければ追加で徴収されます。これらの還付や徴収は、12月または翌年1月の給与と一緒に行われることが一般的です。

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年末調整の提出期限はいつ？

年末調整書類の提出期限は、通常11月上旬までに従業員が勤務先に行います。ただし、会社によって期限が異なる場合もあるため、正確な期限は確認が必要です。その後、会社は11月中旬から12月下旬までの期限内に、従業員全員の年末調整を完了させる必要があります。

従業員が会社に提出する主な書類は次の通りです。

• 扶養控除等申告書
• 保険料控除申告書
• 基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書
• 住宅借入金等特別控除申告書

ここがポイント！

これらの書類には、控除証明書などの添付が必要です。たとえば、生命保険や地震保険に加入している場合、証明書は通常10月頃に届くため、期限内に必要な書類を提出するためにも、年末調整時まで保管しておくことが重要です。

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期限内に年末調整を提出しなかった場合の罰則

【企業への影響】罰金が科される可能性がある

年末調整は所得税法に基づく給与支払者の義務です。もし、意図的に期限内に年末調整を行わなかったり、虚偽の申告を税務署に提出した場合、脱税とみなされることがあります。その場合、所得税法により「1年以下の懲役または50万円以下の罰金」、もしくは「10年以下の懲役または200万円以下の罰金」が科される可能性があります。

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【企業への影響】延滞税の発生

年末調整における税金の不足分は翌年の1月10日までに納付しなければなりません。納期限を過ぎると翌日から延滞税が発生し、2か月を超えると税率がさらに引き上げられます。また、期限内に年末調整を行っても、所得税が少なく納付されていた場合には、速やかに修正申告をする必要があります。

気をつけておきたい注意点

税務署から指摘を受けた場合には「過少申告加算税」が課されることもあります。

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【従業員への影響】還付金が受け取れなくなる

通常、源泉徴収制度では年末調整を行うことで、従業員が支払いすぎた税金の還付が行われます。しかし、会社が期限内に年末調整を行わなかった場合、従業員は還付金を受け取ることができません。

【従業員への影響】従業員が確定申告をしなければならなくなる

会社が期限内に年末調整を実施しない場合、従業員は自分で確定申告を行い、税額の過不足を調整する必要があります。これは従業員にとって手間がかかる作業であり、負担が増えることから、不満を抱き、退職を検討する従業員が出てくる可能性もあります。

年末調整の提出期限に遅れた場合の対処法

申告する控除の種類によっては、年末調整の手続きが提出期限内に完了しない場合があります。それでは、もし年末調整の書類提出が期限に間に合わない場合、どのように対応すべきでしょうか。

以下では、書類の提出が期限に間に合わない場合の対応策について詳しく解説します。

期限内に間に合わない場合の対処法①：1月31日までに間に合う場合 

年末調整の書類を税務署に提出する会社の期限は1月31日です。そのため、1月31日より前であれば、会社が書類を受け付けてくれる可能性があります。

ただし、会社がすでに税務署に年末調整に関する書類を提出し、処理が完了している場合、追加で書類を受け取ってもらえないこともあるので注意が必要です。

SoVa税理士ガイド編集部

もし従業員の提出期限に間に合いそうにない場合は、事前に担当者へ遅延の旨を伝えておくと、柔軟に対応してもらえることがあります。

期限内に間に合わない場合の対処法②：1月31日に間に合わない場合 

職場が年末調整の書類を受け取れなかったり、1月31日を過ぎてしまった場合は、自分で確定申告を行う必要があります。確定申告の期間は通常2月16日から3月15日までです。この期限内に所得の申告を済ませましょう。

年末調整の提出期限を過ぎても、特に罰則はありませんが、確定申告の期限を過ぎると無申告加算税や延滞税といった罰則が課される可能性があります。期限が遅れるほど、支払う税額が増えるため、できるだけ早めに手続きを済ませることが重要です。

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年末調整の提出期限後に修正が必要な場合は？

11月頃に従業員から書類を回収した後、年末までに状況が変わった場合には、年末調整を再度行う必要があります。1月1日以降に変更があった場合は、翌年の年末調整で調整する形となります。

法定期限である1月31日までに書類の修正が間に合う場合、年末調整をやり直すことが可能です。しかし、1月31日を過ぎてしまった場合は、従業員が自ら確定申告を行う必要があります。

修正・変更が必要となる主なケース①：所得控除の変更 

以下のように、所得控除に関する変更があった際には、還付金の発生などが見込まれるため、年末調整の修正が必要になります。

• 扶養人数の変更
  結婚や出産、離婚などで扶養家族の人数に変動があった場合、年末調整の修正が必要です。
• 保険の加入
  新たに生命保険や地震保険に加入し、保険料を支払った場合には、所得税が変動するため年末調整を訂正します。

一方で、申告書の内容に誤りがあり、追加で税金を徴収する必要がある場合は、早急に年末調整をやり直し、不足分を納付する必要があります。

修正・変更が必要となる主なケース②：給与や賞与の追加支払い 

給与や賞与が追加で支払われた場合、その分の所得税が不足する可能性があります。この場合、企業が責任をもって処理を行い、不足分を従業員から徴収します。

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年末調整の還付や追加徴収はいつ？

毎月給与から源泉徴収されている税額が、本来支払うべき所得税額よりも多かった場合は、年末調整によってその差額が還付されます。逆に、源泉徴収された税額が少なかった場合は、差額分を追加で徴収されます。

年末調整による還付金は、通常その年最後の給与支給時（12月）に支給されることが多いです。追加徴収が発生する場合も、同様に最初の給与支給時に給与から差し引かれることが一般的です。

ただし、企業によっては、給与支給時以外に還付金が振り込まれたり、現金で受け取る場合もあるため、還付金の受け取り期限について正確な情報を知りたい場合は、勤務先に確認することが大切です。

また、年末調整で還付や徴収が行われた金額は、給与明細の「年末調整還付金・徴収金」欄や、年末調整完了後に配布される源泉徴収票で確認できます。

還付金が発生する主なケース

年末調整で還付が受けられるのは、源泉徴収された税額が実際に支払うべき税額を上回った場合です。基本的に、年の途中で扶養人数の変更などがない限り、源泉徴収された税額は実際の納税額よりも多いことが多く、多くの人が還付を受けることになります。

さらに、所得控除や税額控除を適用することで、還付金が増える可能性があります。主な控除の例としては以下があります。

還付金が発生する具体的なケース

• 生命保険や医療保険に加入している場合（生命保険料控除）
  生命保険や医療保険に加入している人は、生命保険料控除の適用を受けられます。控除額は掛金によって異なり、最大で12万円の所得控除が可能です。
• 扶養家族が増えた場合（扶養控除）
  扶養家族が増えた場合は、その人数に応じた扶養控除が適用されます。控除額は扶養親族の年齢や条件によって異なり、38万円〜63万円の範囲で設定されています。
• 個人型確定拠出年金（iDeCo）に加入している場合（小規模企業共済等掛金控除）
  iDeCoに加入している場合、掛金の全額が所得控除の対象となります。掛金が多いほど控除額も大きくなります。
• 住宅ローンを返済している場合（住宅借入金等特別控除）
  住宅ローンの返済をしている場合、住宅ローン控除が適用されます。控除額は、住宅ローン残高の0.7％で、所得税額から直接差し引かれます。

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中途入社で定額減税が適用されていない場合

定額減税は令和6年に適用される制度で、合計所得金額が1,805万円以下の人に対し、一定額が控除されます。しかし、6月1日以降に中途入社した場合、定額減税が適用されないことがあります。その際、年末調整で差額が還付されることがあります。

その他にも、個人で社会保険料を支払った場合や、離婚や死別で寡婦控除が適用される場合など、還付金が発生するケースがあります。

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まとめ

年末調整に関する書類の提出期限は、一般的に11月中となっています。会社が指定する期限内に手続きを完了すれば、12月の給与時に税額の過不足が調整されます。提出期限や方法、必要書類を事前にしっかり確認し、余裕を持って手続きを進めることが重要です。

年末調整は年に一度の手続きのため、回数が少ないと記入方法や必要な書類を忘れがちです。ただし、特別な状況がなければ、記載内容や必要書類は大きく変わることはないので、過去の書類やコピーを保管しておくことで、期限を守ってスムーズに対応できるでしょう。

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